Борис Федорович Годунов (1598-1605) был избран царем на Земском соборе в феврале 1598 года. Собор был созван в связи с уходом в монастырь супруги умершего Федора Иоанновича Ирины. Дважды отказавшись сначала, Борис Федорович все же согласился взять власть.  Борис Годунов происходил из боярского рода Годуновых, родоначальником которого был золотоордынский мурза Чет, получивший службу при дворе московского князя около 1330 года. Бориса Годунов входил в Опричный двор Иоанна Грозного. Существует легенда, что Иоанн Грозный избил Годунова своим жезлом за то, что тот заступился за царевича Иоанна Иоанновича. Годунов был женат на дочери Малюты Скуратова Марии. В возвышении Годунова сыграло роль и то обстоятельство, что сестра Бориса, Ирина, была замужем за Федором Иоанновичем, наследником престола, а затем и царем. Во время царствования Федора Борис Годунов стал одним из главных членов правительства, а с 1587 года он получил право на самостоятельную дипломатическую деятельность.  Во внешней политике Годунову удалось частично ликвидировать последствия Ливонской войны. По Тявзанскому договору (1595 год), России был возвращен ряд городов. Борис Годунов стремился упрочить самодержавную власть. В связи с этим многие бояре были изгнаны из Москвы. Так, в 1601 году были сосланы бояре Романовы, Богдан Бельский и другие.  Во время царствования Бориса Годунова в городах проводилось "посадское строение", продолжалась колонизация Сибири, Среднего Поволжья, велось церковное строительство и закладка крепостей на юге России.   В 1601-1603 годах в стране был сильный неурожай, и начался голод. Раздача правительством хлеба и денег голодающим не могла решить проблему. Чтобы ослабить напряженность, был разрешен временный ограниченный переход крестьян от одного помещика к другому в Юрьев день. В 1603 году прошли многочисленные восстания голодающих. Крупный отряд восставших во главе с Хлопком Косолапом действовал под Москвой.

   В 1602 году в Речи Посполитой объявился человек, который выдавал себя за чудом спасшегося царевича Дмитрия, младшего сына Иоанна Грозного. Польский король Сигизмунд III поддержал Лжедмитрия и предоставил в его распоряжение 4-тысячный отряд. В октябре 1604 года Лжедмитрий вступил в русские земли и направился к Москве. В этот критический для страны момент царь Борис Годунов внезапно умер (13 апреля 1605 года). Борис Годунов был похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля.